6月1日海關新快件系統上線后，由于海關作業模式與之前有所不同，導致很多問題出現，從而降低了申報和審單速度，導致清關中心現場積壓大量貨物，為了改變此種現象，加快快件清關速度，現將目前遇到的問題總結如下：
  一、品名沒有規范申報
所有商品申報時均需要申報牌子、型號、規格，例如swisse蔓越莓膠囊30粒切勿出現奶粉、保健品這樣的模糊申報，否則一律退單要求重新申報。
  二、商品申報價格偏低
由于6月1日海關使用新系統以來，凡海關規定有完稅價格的貨物，其申報價值高于完稅價格1/2至2倍之間的，系統一委自己按完稅價格計價計稅。為此很多客戶出現低報貨值現象，如澳洲絕大部分1-2階段的奶粉單價高于完稅價格的1/2，卻每KG申報低于完稅價格1/2，雖然有提供小票但明顯是偽造的，以后凡是這種刻意低報行為一律退單。如果產品確實低于完稅價格的，且可以提供真實購買憑證，出現退單現象，客戶可向海關進行申訴。
  三、短裝溢裝問題嚴重
目前，很大部分客戶存在申報清單的件數與到達清關中心現場的件數不符，要么實際到貨件數少了，要么件數多了，海關多次對此提出整改意見，為此希望客戶督促境外合作商發貨時做好清單與貨物的數量的核對工作。